Бактерии могут быть вредны для человека в двух случаях. Во-первых, если не принять особых мер, сапрофитные бактерии портят пищевые продукты; отсюда и множество различных и экономически невыгодных способов сохранения продуктов. Во-вторых, бактерии могут быть возбудителями болезней; это в большей степени касается животных, чем растений. Болеют и люди, и домашние животные, а время от времени страдают и посевы. Поскольку способы передачи инфекции наиболее распространенных бактериальных и вирусных заболеваний довольно сходны, эти болезни удобнее рассмотреть вместе (разд. 2.6).
К самым опасным заболеваниям животных относятся пищевые отравления свиней и домашней птицы, вызываемые сальмонеллами. Из бактериальных заболеваний растений можно упомянуть корончатые галлы плодовых растений и бактериальный ожог яблонь и груш (вызываемые соответственно Agrobacterium tumefaciens и Erwinia amylovorum).