Во внутривидовом видообразовании участвует несколько факторов, однако во всех случаях непременным условием является прекращение обмена генами между популяциями; в результате каждая популяция становится генетически изолированной. Изменение частоты аллелей и генотипов в отдельных популяциях, обусловленное действием естест-венного отбора на диапазон фенотипов, создававшихся в результате мутаций и половой рекомбинации, ведет к образованию рас и подвидов. Если генетическая изоляция сохраняется в течение длительного времени, а затем подвиды вновь встречаются в одной и той же области, то они либо снова скрещиваются, либо это оказывается невозможным. В случае успешного скрещивания их все еще можно считать принадлежащими к одному виду. Невозможность скрещивания означает, что произошло видообразование и прежние подвиды следует теперь рассматривать как самостоятельные виды. Полагают, что именно таким образом могут происходить эволюционные изменения.
Начальным фактором в процессе видообразования может служить снижение интенсивности отбора в популяции. Это может привести к повышению внутривидовой изменчивости. Если новые фенотипы обладают адаптациями к условиям среды, имеющимся в краевых участках ареала, то популяция получает возможность расширить область своего распространения. В тех случаях, когда обмен генами внутри популяции не ослабевает, данный вид, проявляя локализованную фенотипическую изменчивость (экотипы), все еще сохраняет общий генофонд и продолжает оставаться единым видом. В таких ситуациях обычно создаются клины.
Видообразование может происходить только в результате возникновения преград, ведущих к репродуктивной изоляции между членами данной популяции. Репродуктивная изоляция создается изолирующими механизмами (термин, введенный генетиком Т. Добржанским) того или иного типа.