Для аллопатрического видообразования характерно то, что на какой-либо его стадии существенную роль играет пространственное разобщение. Такое разобщение, создаваемое географическими барьерами (например, горными хребтами, морями или реками) или же различиями в предпочитаемых местообитаниях, может препятствовать потоку генов; организмы или их гаметы теряют возможность встретиться, и это ведет к репродуктивной изоляции. Адаптация к новым условиям и случайный дрейф генов в небольших популяциях приводят к изменениям частоты аллелей и генотипов. В результате длительного разобщения популяций между ними может возникнуть генетическая изоляция, сохраняющаяся даже в том случае, если они вновь окажутся вместе. Таким образом могут возникать новые виды. Например, разнообразие видов вьюрков семейства Goespizidae и их распространение на островах Галапагосского архипелага считают результатом аллопатрического видообразования. Как полагает Дэвид Лэк, первоначально вьюрки прибыли на острова с южноамериканского материка и здесь в отсутствие конкуренции со стороны местных видов (слабое давление отбора) произошла адаптивная радиация, приведшая к возникновению разнообразных видов, приспособленных к различным экологическим нишам; эволюция разных видов, происходившая в условиях географической изоляции, зашла так далеко, что когда впоследствии они снова встречались на некоторых островах, то могли уже сосуществовать как самостоятельные виды.