Система классификации, описанная в Приложении 3, была создана Линнеем задолго до Дарвина и Уоллеса, но тем не менее она содержит кое-какие намеки в связи с проблемой происхождения видов и эволюции. Конечно, можно представить себе, что все виды, как ныне живущие, так и вымершие, были сотворены каждый в отдельности в какой-то отдельный момент времени или существовали всегда, однако структурное сходство между организмами, составляющее основу естественной филогенетической классификации, наводит на мысль о существовании эволюционного процесса. Черты сходства и различия между организмами можно объяснить как результат прогрессивной адаптации организмов в пределах каждой таксономической группы к определенным условиям среды на протяжении некоторого периода времени.
Специалисты по нумерической таксономии, занимающиеся главным образом сравнением фенотипических признаков, нашли возможным разработать фенетическую классификацию (см. Приложение 3), которая согласуется, насколько позволяют судить современные знания, с концепцией эволюции. Обе системы классификации могут иметь и самостоятельное значение как способы описания множества живых организмов, но в то же время они явно подсказывают мысль об эволюционном процессе.